Anders als in den meisten Bundesländern werden im Land Niedersachsen die Natuschutzgebiete und Landschaftsschutzgebiete nicht mehr per Rechtsverordnung der Landesregierung festgelegt. Für die Erklärung eines Gebietes zu einem Naturschutzgebiet und für die Änderung oder Aufhebung einer bestehenden Naturschutzgebietsverordnung sind vielmehr gemäß § 55 Abs. 2 Satz 1 NNatG die Unteren Naturschutzbehörden zuständig. Soweit von dem Geltungsbereich einer Naturschutzgebietsverordnung der Hoheitsbereich mehrerer kommunaler Gebietskörperschaften, die die Aufgabe einer Unteren Naturschutzbehörde wahrnehmen, betroffen ist, hat das Niedersächsische Umweltministerium in einem Runderlass vom 13. Mai 2009 gesonderte, von dieser Regelzuständigkeit abweichende Zuständigkeitsbestimmungen getroffen.

Die Regelungen über den Nationalpark Harz sind darüber hinaus in einem Nationalparkgesetz sowie in einem Staatsvertrag mit dem Land Sachsen-Anhalt festgehalten, ebenso existiert für den Nationalpark Wattenmeer ein eigenständiges Gesetz.

In Mecklenburg-Vorpommern existieren mithin folgende per Gesetz oder Rechtsverordnung festgelegten Gebiete und Regelungen:

• Niedersächsisches Naturschutzgesetz
• Gesetz über den Nationalpark „Harz Niedersachsen”
• Staatsvertrag über die gemeinsame Verwaltung der Nationalparke „Harz (Niedersachsen)” und „Harz (Sachsen-Anhalt)”
• Staatsvertrag zwischen dem Land Niedersachsen und dem Land Sachsen-Anhalt zur Zusammenführung des Nationalparks „Harz” und des Nationalparks „Hochharz”
• Verordnung über das Naturschutzgebiet „Voslapper Groden-Süd” in der kreisfreien Stadt Wilhelmshaven
• Verordnung zur Regelung des Gemeingebrauchs am Dümmer und Steinhuder Meer
  (Dümmer und Steinhuder Meer-Verordnung – DStMVO -)
• Verordnung über das Führen von Fahrgastschiffen und Auswanderern auf dem Dümmer und dem Steinhuder Meer (Dümmer und Steinhuder Meer-Führerschein-Verordnung – DStMFührerscheinV – )

sowie folgende Verwaltungsvorschriften:

• Geschäftsordnung für die „Nationalparkverwaltung Harz” (GO NPV Harz)

• Richtlinie über die Gewährung von Zuwendungen zur Förderung von Maßnahmen zur Erhaltung, Pflege und Entwicklung von Natur und Landschaft (Förderrichtlinie Landschaftsentwicklung)
• Richtlinie über die Gewährung von Zuwendungen zur Förderung von Informationseinrichtungen in den Niedersächsischen Nationalparken und Biosphärenreservaten
• Richtlinie über die Gewährung von Zuwendungen zur Förderung von Maßnahmen zur Entwicklung von Natur und Landschaft sowie zur Qualifizierung für Naturschutzmaßnahmen in den Ländern Bremen und Niedersachsen (Förderrichtlinie Natur- und Landschaftsentwicklung und Qualifizierung für Naturschutz)
• Richtlinie über die Gewährung von Zuwendungen zur Förderung von Maßnahmen zur Entwicklung von Natur und Landschaft sowie zur Qualifizierung für Naturschutzmaßnahmen in den Ländern Bremen und Niedersachsen (Förderrichtlinie Natur- und Landschaftsentwicklung und Qualifizierung für Naturschutz)
• Änderung oder Aufhebung von Naturschutzgebietsverordnungen; Zuständige Behörden
• Empfehlungen zur Feststellung und Festsetzung von Überschwemmungsgebieten

Darüber hinaus bestehen folgende Naturschutzgebiete und Landschaftsschutzgebiete mit abweichender Regelzuständigkeit:

Kenn- zeichen	Name des Naturschutz- gebietes(NSG)	Vom Geltungsbereich der NSG-Verordnung betroffene Gebietskörperschaften	Für die Aufhebung oder Änderung der NSG-Verordnung zuständige Gebietskörperschaft
BR 043	Okertal	Landkreise Goslar und Wolfenbüttel	Landkreis Goslar
BR 075	Barnbruch	Stadt Wolfsburg und Landkreis Gifhorn	Stadt Wolfsburg
BR 099	Nördliche Okeraue	Landkreise Gifhorn und Peine	Landkreis Gifhorn
BR 105	Siebertal	Landkreise Osterode am Harz und Goslar	Landkreis Osterode am Harz
BR 124	Oderaue	Landkreise Osterode am Harz und Northeim	Landkreis Osterode am Harz
BR 131	Mittleres Innerstetal mit Kahnstein	Landkreise Goslar, Wolfenbüttel und Hildesheim sowie Stadt Salzgitter	Landkreis Goslar
BR 136	Okeraue bei Didderse	Landkreise Gifhorn und Peine	Landkreis Gifhorn
BR 137	Selterklippen	Landkreise Northeim und Hildesheim	Landkreis Northeim
HA 024	Dümmer	Landkreise Diepholz, Vechta und Osnabrück	Landkreis Diepholz
HA 025	Saupark	Region Hannover und Landkreis Hameln-Pyrmont	Region Hannover
HA 053	Haseder Busch	Landkreis Hildesheim und Stadt Hildesheim	Landkreis Hildesheim
HA 060	Meerbruch	Region Hannover und Landkreis Nienburg (Weser)	Region Hannover
HA 112	Siedener Moor	Landkreise Diepholz und Nienburg (Weser)	Landkreis Diepholz
HA 124	Walterbachtal	Landkreise Schaumburg und Hameln-Pyrmont	Landkreis Schaumburg
HA 143	Delligser Steinbruch	Landkreise Holzminden und Hildesheim	Landkreis Holzminden
HA 153	Steinbrinker-Ströhener Masch	Landkreise Nienburg (Weser) und Diepholz	Landkreis Nienburg (Weser)
HA 159	Hohes Moor (Hannover)	Landkreise Diepholz und Nienburg (Weser)	Landkreis Diepholz
HA 163	Tonstich bei Goldbeck	Landkreise Schaumburg und Hameln-Pyrmont	Landkreis Hameln-Pyrmont
HA 167	Tiefe Sohle	Landkreise Schaumburg und Hameln-Pyrmont	Landkreis Schaumburg
HA 171	Emmertal	Landkreise Hameln-Pyrmont und Holzminden	Landkreis Hameln-Pyrmont
HA 178	Borsteler Moor	Landkreise Diepholz und Nienburg (Weser)	Landkreis Diepholz
HA 190	Meerbruchswiesen	Region Hannover sowie Landkreise Nienburg (Weser) und Schaumburg	Region Hannover
HA 192	Speckenbachtal	Landkreise Diepholz und Nienburg (Weser)	Landkreis Diepholz
HA 203	Leineaue zwischen Ruthe und Koldingen	Region Hannover und Landkreis Hildesheim	Region Hannover
HA 208	Uchter Moor	Landkreise Nienburg (Weser) und Diepholz	Landkreis Nienburg (Weser)
HA 213	Ithwiesen	Landkreise Hildesheim, Hameln-Pyrmont und Holzminden	Landkreis Holzminden
HA 214	Ith	Landkreise Hameln-Pyrmont und Holzminden	Landkreis Hameln-Pyrmont
LÜ 002	Lüneburger Heide	Landkreise Soltau-Fallingbostel und Harburg	Landkreis Soltau-Fallingbostel
LÜ 013	Hohes Moor (Lüneburg)	Landkreise Stade und Rotenburg (Wümme)	Landkreis Stade
LÜ 018	Oberes Fintautal	Landkreise Soltau-Fallingbostel und Rotenburg (Wümme)	Landkreis Soltau-Fallingbostel
LÜ 026	Breites Moor	Landkreis Celle und Stadt Celle	Landkreis Celle
LÜ 055	Vogelschutzgebiet Hullen	Landkreise Stade und Cuxhaven	Landkreis Stade
LÜ 058	Auequelle	Landkreise Verden und Rotenburg (Wümme)	Landkreis Verden
LÜ 060	Ostemündung	Landkreise Cuxhaven und Stade	Landkreis Cuxhaven
LÜ 081	Ostesee	Landkreise Stade und Cuxhaven	Landkreis Cuxhaven
LÜ 083	Aßbütteler Moor	Landkreis Cuxhaven und Stadt Cuxhaven	Landkreis Cuxhaven
LÜ 099	Heide und Moor bei Haslah	Landkreise Osterholz und Cuxhaven	Landkreis Osterholz
LÜ 110	Rechter Nebenarm der Weser	Landkreise Osterholz und Cuxhaven	Landkreis Osterholz
LÜ 131	Oederquarter Moor	Landkreise Stade und Cuxhaven	Landkreis Stade
LÜ 134	Großes Moor bei Becklingen	Landkreise Celle und Soltau-Fallingbostel	Landkreis Celle
LÜ 146	Obere Wümme- niederung	Landkreise Harburg und Soltau-Fallingbostel	Landkreis Harburg
LÜ 163	Großes Everstorfer Moor	Landkreise Harburg und Rotenburg (Wümme)	Landkreis Harburg
LÜ 166	Brambosteler Moor	Landkreise Uelzen undSoltau-Fallingbostel	Landkreis Uelzen
LÜ 187	Schierbruch und Forellenbachtal	Landkreise Uelzen und Lüneburg	Landkreis Uelzen
LÜ 190	Kiehnmoor	Landkreise Uelzen und Celle	Landkreis Uelzen
LÜ 214	Schweinebruch	Landkreis Celle und Stadt Celle	Stadt Celle
LÜ 251	Hohes Holz	Landkreise Lüneburg und Harburg	Landkreis Lüneburg
LÜ 253	Ottinger Ochsenmoor	Landkreise Rotenburg (Wümme) und Soltau-Fallingbostel	Landkreis Rotenburg (Wümme)
LÜ 260	Allerschleifen zwischen Wohlendorf und Hülsen	Landkreise Soltau-Fallingbostel und Verden	Landkreis Soltau-Fallingbostel
LÜ 264	Schnook, Außendeichsflächen bei Geversdorf	Landkreise Cuxhaven und Stade	Landkreis Cuxhaven
LÜ 265	Dieksbeck	Landkreise Uelzen und Lüneburg	Landkreis Uelzen
LÜ 271	Moore bei Buxtehude	Landkreise Stade und Harburg	Landkreis Stade
LÜ 277	Lutter	Landkreise Celle und Gifhorn	Landkreis Celle
LÜ 280	Barnstedt-Melbecker Bach	Landkreise Lüneburg und Uelzen	Landkreis Lüneburg
LÜ 282	Lüneburger Ilmenauniederung mit Tiergarten	Landkreise Lüneburg und Uelzen	Landkreis Lüneburg
LÜ 287	Lachte	Landkreis Celle und Stadt Celle	Landkreis Celle
WE 049	Großes Tate Meer	Landkreise Cloppenburg und Emsland	Landkreis Cloppenburg
WE 054	Hahnenmoor	Landkreise Emsland und Osnabrück	Landkreis Emsland
WE 093	Holler- und Wittemoor	Landkreise Oldenburg und Wesermarsch	Landkreis Oldenburg
WE 100	Ewiges Meer und Umgebung	Landkreise Aurich und Wittmund	Landkreis Aurich
WE 101	Lengener Meer	Landkreise Leer, Wittmund und Friesland	Landkreis Leer
WE 137	Gellener Torfmöörte	Landkreise Wesermarsch und Ammerland sowie Stadt Oldenburg	Landkreis Wesermarsch
WE 150	Markatal	Landkreise Cloppenburg und Emsland	Landkreis Cloppenburg
WE 154	Sumpfmoor Dose	Landkreise Wittmund und Friesland	Landkreis Wittmund
WE 178	Herrenmoor	Landkreise Friesland und Ammerland	Landkreis Friesland
WE 188	Engdener Wüste / Heseper Moor (Nord- horn Range)	Landkreise Grafschaft Bentheim und Emsland	Landkreis Grafschaft Bentheim
WE 189	Bäken der Endeler und Holzhauser Heide	Landkreise Vechta, Oldenburg und Cloppenburg	Landkreis Vechta
WE 197	Sandtrockenrasen am Biener Busch	Stadt Lingen (Ems) und Landkreis Emsland	Stadt Lingen (Ems)
WE 201	Fehntjer Tief-Nord	Landkreise Aurich und Leer	Landkreis Aurich
WE 205	Bornhorster Huntewiesen	Stadt Oldenburg und Landkreis Wesermarsch	Stadt Oldenburg
WE 209	Fehntjer Tief-Süd	Landkreise Leer und Aurich	Landkreis Leer
WE 216	Ahlhorner Fischteiche	Landkreise Oldenburg und Cloppenburg	Landkreis Oldenburg
WE 219	Petkumer Deichvorland	Stadt Emden und Landkreis Leer	Stadt Emden
WE 225	Neuringer Wiesen	Landkreise Emsland und Grafschaft Bentheim	Landkreis Emsland
WE 231	Boekzeteler Meer	Landkreise Leer und Aurich	Landkreis Leer
WE 241	Heidfeld	Landkreise Grafschaft Bentheim und Emsland	Landkreis Grafschaft Bentheim
WE 245	Esterweger Dose	Landkreise Emsland, Cloppenburg und Leer	Landkreis Emsland
WE 254	Stapeler Moor Süd und Kleines Bullenmeer	Landkreise Leer und Ammerland	Landkreis Leer
WE 257	Kollrunger Moor	Landkreise Aurich und Wittmund	Landkreis Wittmund
WE 262	Westliche Dümmerniederung	Landkreise Osnabrück, Vechta und Diepholz	Landkreis Vechta
WE 264	Moorschlatts und Heiden in Wachendorf	Landkreis Emsland und Stadt Lingen (Ems)	Stadt Lingen (Ems)
WE 265	Dalum-Wietmarscher Moor	Landkreise Grafschaft Bentheim und Emsland	Landkreis Emsland
WE 268	Emsauen zwischen Herbrum und Vellage	Landkreise Leer und Emsland	Landkreis Emsland
WE 270	Vehnemoor	Landkreise Cloppenburg und Ammerland	Landkreis Cloppenburg
Ausgewiesene Naturschutzgebiete mit zwei Kennzeichen:
BR 108 HA 164	Ahlewiesen	Landkreise Northeim und Holzminden	Landkreis Holzminden
HA 105 LU 140	Brand	Region Hannover und Landkreis Celle	Landkreis Celle
BR 104 HA 149	Hellental	Landkreise Northeim und Holzminden	Landkreis Holzminden
BR 120 HA 180	Heukenberg	Landkreise Northeim und Holzminden	Landkreis Northeim
BR 053 Ü 172	Schweimker Moor und Lüderbruch	Landkreise Gifhorn und Uelzen	Landkreis Uelzen